肛门有小疙瘩多考虑是毛囊炎引起的，也可能是痔、肛周湿疹、直肠息肉、尖锐湿疣等引起的，可根据病因选择合适的治疗方式。
1、毛囊炎
若患者不注意个人卫生或者是身体的免疫力下降就可能会导致细菌感染毛囊，进而可能会引起毛囊炎，在炎症的刺激下患者可能会出现局部红肿、疼痛等症状。患者要注意局部的清洁和护理，避免用手抓挠患处，以免加重感染。患者也可遵医嘱外用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物，抗感染抗菌，缓解不适症状。
2、痔
若患者长期吃辛辣油腻的食物或者是吸烟喝酒就可能会导致肛管或者直肠下端静脉充血以及肿大，进而就可能会引起该疾病，在排便的时候可能会出现上述症状。患者要养成良好的排便习惯，可多吃一些新鲜的水果蔬菜，有助于促进胃肠道蠕动，改善便秘。患者还要避免长时间久蹲，可在排便后使用温水坐浴，保持肛周清洁卫生。患者还可遵医嘱外用龙珠软膏、复方角菜酸酯乳膏等药物，促进病情恢复。
3、肛周湿疹
如果患者长期处于闷热潮湿的环境或者是受到摩擦就可能会引起肛周湿疹，进而可能会出现丘疹、水疱、脱屑等症状。建议患者要避免长时间久坐，以免加重病情。患者还可遵医嘱外用糠酸莫米松凝胶、丁酸氢化可的松乳膏等药物，具有抗炎、抗过敏的作用，缓解肛周湿疹的瘙痒和红肿症状。
4、直肠息肉
若是患者长期吸烟酗酒就可能会导致肠道菌群失调，进而可能会诱发直肠息肉，患者可能会出现便意频繁、便中带血等症状。患者可遵医嘱采取手术的方式进行治疗，比如内镜下黏膜切除术。术后患者要注意伤口的清洁与保护。
5、尖锐湿疣
尖锐湿疣是由于人乳头瘤病毒感染引起的以局部皮肤呈疣状病变为主的性传播疾病。患者一般会出现肛门部位有皮肤黏膜赘生物的情况。建议患者可以在医生指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏等涂抹患处进行治疗。必要时，患者也可以通过激光手术切除疣体的方式进行治疗。
除此之外，在日常生活中建议患者应注意休息，并避免熬夜、剧烈运动和情绪激动。如果病情持续加重，建议患者及时就医进行针对性治疗，以免延误病情。