碘伏通常不能治疗扁平疣。
碘伏主要是一种消毒剂，广泛用于皮肤粘膜的消毒处理，如擦伤、冻伤、烧伤等，具有杀菌作用，能够破坏微生物的细胞膜和核酸。然而，扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的皮肤良性赘生物，并非单纯的皮肤表面问题，碘伏虽然对病毒有一定的抑制作用，但因其无法穿透皮肤表层达到病毒所在的皮肤中上层，因此并不能直接去除疣体或从根本上治愈扁平疣。
对于扁平疣的治疗，通常需要根据患者的具体情况选择合适的方法，如遵医嘱外用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物；物理治疗包括冷冻、激光、电灼等；或系统治疗，针对疣体数目较多或久治不愈者，使用干扰素、转移因子等药物。这些治疗方法旨在去除疣体或抑制病毒的生长和繁殖。
因此，如果患有扁平疣，建议就医咨询专业医生，进行规范的诊断和治疗，避免自行使用碘伏或其他非专业治疗方法，以免延误病情或导致不良后果。同时，保持良好的生活习惯和卫生习惯，避免与他人共用毛巾、浴巾等物品，以防交叉感染。