通常情况下，肛瘘上药一般是指肛瘘患者进行药物涂抹治疗，通常是在外口进行治疗，而不需要在内口进行治疗。
肛瘘通常是指肛管直肠周围的肉芽肿性管道，由内口、瘘管、外口三部分组成，绝大多数是直肠脓肿引起的。肛瘘患者进行药物涂抹治疗，一般是在外口进行治疗，主要是因为肛瘘外口距离病变部位较近。如果患者未及时配合医生积极进行治疗，肛瘘可能会经由内口长出，从而加重病情。因此，肛瘘患者进行上药治疗，一般是在外口进行上药治疗。
肛瘘患者可以在医生的指导下使用高锰酸钾溶液坐浴，可以起到抗感染的作用，也可以遵医嘱使用复方角菜酸酯栓、肛泰软膏等药物进行治疗，可以缓解病变部位的肿胀、疼痛等不适症状。如果患者症状比较严重，也可以积极配合医生通过肛瘘切开术等方式进行治疗，能够达到治疗的目的。
除此之外，建议患者在日常生活中要注意饮食健康，可以适量进食膳食纤维丰富的水果和蔬菜，比如苹果、香蕉、菠菜、油麦菜等，可以促进胃肠道蠕动，预防便秘。如果患者治疗期间上述不适症状无明显缓解或出现进行性加重，建议及时就医治疗，以免延误病情。