手淫时右边腰疼，可能是过度劳累、软组织损伤、肾结石等原因所导致，还需要及时去医院进行治疗。
1、过度劳累
如果频繁的手淫，可能会使体内的精力过度消耗，甚至还会出现疲劳乏力的情况，在一定程度上也会影响到腰部的正常供血，从而出现腰部隐隐作痛等症状。建议患者多卧床休息，也可以通过按摩等方式进行放松缓解。
2、软组织损伤
如果在手淫的过程中，不注意自身的护理，可能会使腰部的软组织受到损伤，从而出现局部刺痛、皮下血肿等情况。建议患者进行冰敷处理，也可以遵医嘱使用红花油、活络油等药物进行治疗。
3、肾结石
肾结石可能是饮食不合理所造成的，随着时间的不断推移，可能会使结石的体积进一步增大，从而影响到肾脏的正常运行，会出现腰疼、腰酸等不适症状，甚至还会出现血尿等症状。建议患者遵医嘱配合使用排石颗粒、肾石通颗粒等药物进行治疗，也可以通过体外冲击波碎石等方式进行处理。
除了以上比较常见的原因以外，还有其他原因，比如腰肌劳损、腰椎间盘突出症等，需要根据引起的原因进行处理。