腋下三个疙瘩疼可能是毛囊炎、皮脂腺囊肿、淋巴结肿大等原因引起的，需要根据不同的原因选择合适的治疗方法。
1、毛囊炎
如果患者不注意个人卫生，腋下可能会受到细菌感染，引起毛囊炎，导致腋下出现红色丘疹，并伴有疼痛。患者可以在医生的指导下使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏等药物来治疗。
2、皮脂腺囊肿
皮脂腺囊肿是指皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。皮脂腺囊肿多发生于头皮、面部，突出皮肤表面，球形，无波动感。患者可以在医生的指导下使用头孢克肟胶囊、阿莫西林胶囊等药物来治疗。
3、淋巴结肿大
淋巴结肿大是指淋巴结发生炎症从而引起肿大，可能是细菌、病毒感染等原因引起的，患者可能会出现局部红肿、疼痛等症状。如果是细菌感染引起的，患者可以遵医嘱使用头孢氨苄胶囊、罗红霉素胶囊等药物来治疗。如果是病毒感染引起的，患者可以遵医嘱使用利巴韦林片、更昔洛韦分散片等药物来治疗。
除此之外，该症状还可能与乳腺增生症、乳腺囊肿、脂肪瘤等原因有关，建议患者及时去医院就诊，完善相关检查，并遵医嘱进行针对性治疗。