银杏果通常有一定的毒性，不能直接吃。
银杏果中含有银杏酸、氢氰酸等有毒成分。银杏酸是一种有机酸，具有较强的致敏性，食用后可能会引起过敏反应，比如皮肤出现红疹、瘙痒等症状，严重的可能会导致过敏性休克。氢氰酸的毒性则更为严重，其能够抑制细胞的呼吸作用，特别是会对中枢神经系统产生损害。如果摄入过多含有氢氰酸的银杏果，可能会出现恶心、呕吐、腹泻、抽搐，甚至昏迷、呼吸麻痹等严重的中毒症状。
虽然银杏果经过处理后可以食用，但直接吃是非常危险的。正确的食用方法是，先将银杏果的外壳去除，然后把果仁中间的绿色胚芽去除，因为胚芽中的毒素含量很高。去除这些部分后，再将果仁经过长时间的浸泡、煮熟或者炒熟等处理，在这些过程中，部分毒素会被分解或者去除，从而降低中毒的风险。
但需要注意的是，即使经过处理，也不建议大量食用银杏果，尤其是儿童、孕妇以及体质较弱的人群，应该谨慎食用，以免引起身体不适。