喝完水发现杯子里有霉菌，可以通过清洗杯子、改善环境、饮食调理、药物治疗、手术治疗等方式进行处理。
1、清洗杯子
如果杯子里有少量的霉菌被患者饮用了，患者可以使用清水进行漱口，也可以通过刷牙的方式进行改善，从而抑制霉菌的生长，对治疗疾病有一定的帮助作用。
2、改善环境
如果患者长期处于潮湿的环境中，可能会导致霉菌滋生，从而引起喝完水后杯子里有霉菌的情况。建议患者保持室内通风干燥，也可以使用干净的湿毛巾擦拭嘴唇等部位，保持局部清洁卫生。
3、饮食调理
在日常生活中，患者还要注意平时的饮食健康，尽量吃清淡类的食物，比如大米粥、水果沙拉、凉拌黄瓜等，也可以吃新鲜的水果和蔬菜，比如香蕉、苹果、菠菜、西红柿等，从而为身体补充所需要的营养，也可以增强自身的免疫力。
4、药物治疗
如果患者不注意饮食卫生，可能会导致胃肠道受到霉菌感染，引起胃肠道不适症状，如腹泻、腹痛等。建议患者可以在医生指导下使用阿莫西林胶囊、头孢呋辛酯片等药物进行抗感染治疗。同时，患者也可以遵医嘱使用乳酸菌素片、双歧杆菌三联活菌胶囊等益生菌制剂进行治疗。
5、手术治疗
如果患者杯子里的霉菌通过口腔进入胃肠道，可能会引起食管炎、胃炎等疾病，患者可能会出现恶心、呕吐、腹痛等症状。建议患者可以通过手术的方式进行治疗，如食管扩张术、食管切除术等。
在日常生活中，患者要注意饮食卫生，避免吃不干净的食物，以免引起胃肠道不适症状。如果患者出现不适症状，建议及时就医治疗。