巧克力囊肿和普通囊肿的区别主要有性质不同、病因不同、症状不同、治疗方式不同、预后不同等，患者需在医生的指导下进行相关检查和治疗。
1、性质不同
巧克力囊肿是指异位子宫内膜在卵巢内生长形成的囊肿，属于子宫内膜异位症的一种病变。普通囊肿是指卵巢内或者是表面形成的囊状结构，囊内含有液体或其他物质。
2、病因不同
巧克力囊肿可能经血逆流、淋巴及静脉播散、子宫内膜异位症等原因有关。普通囊肿可能与环境因素、饮食因素、感染因素等原因有关。
3、症状不同
巧克力囊肿患者可能会出现月经增多、性交痛等症状，还可能会伴有不孕的情况。普通囊肿患者可能会出现下腹部不适、恶心等症状，还可能会伴有腹部肿块的情况。
4、治疗方式不同
巧克力囊肿患者可以在医生的指导下服用醋酸甲羟孕酮片、地屈孕酮片等药物进行治疗，必要时，需配合医生通过手术治疗的方式进行处理。普通囊肿患者如果囊肿体积较小，也可以遵医嘱服用桂枝茯苓胶囊、红金消结胶囊等药物进行治疗，如果囊肿体积较大，也可以通过手术切除的方式进行处理。
5、预后不同
巧克力囊肿如果不及时治疗，可能会发生破裂，容易引起急腹症，甚至会导致患者不孕。普通囊肿一般不会发生破裂，也不会引起急腹症，预后比较好。
在日常生活中，患者应调整饮食结构，少吃辛辣、刺激性强的食物；规律作息，避免熬夜，也可以适量锻炼，可增强机体抵抗力。同时，患者要注意个人卫生，勤换内裤，避免不洁的性生活。如果出现不适症状，建议患者及时就医治疗。