发烧一般是指发热。三岁男童发热39℃，一般可以通过多喝水、冷敷、温水擦拭、使用退热贴、药物治疗等方式进行处理。
1、多喝水
三岁男童发热39℃，可能是身体受到细菌感染或病毒感染所造成的，建议患者多喝温水，可以促进身体的新陈代谢，以辅助降温。
2、冷敷
由于体温已经达到39℃，此时已经是高热的情况，可能会使皮肤受到刺激，从而出现皮肤发红、肿胀等现象。家长可以使用冰袋放在孩子的额头部位进行冷敷，从而达到降温的目的。
3、温水擦拭
家长也可以使用温水擦拭男童的身体，比如额头、腋窝、腹股沟等部位，在一定程度上可以达到缓解症状。
4、使用退热贴
退热贴具有退热降温的作用，可以用于改善上呼吸道感染引起的发热、头痛等症状。家长可以遵医嘱使用退热贴进行治疗。
5、药物治疗
如果通过上述治疗无法得到改善，建议家长及时在医生的指导下给男童使用退热的药物进行治疗，比如布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚颗粒等。
另外，如果通过上述治疗，症状仍无法得到改善，建议家长及时带男童到正规医院就诊，以免延误病情。