怀孕42天孕囊还在卵巢，可能是正常现象，也可能是由于胚胎发育不良、生化妊娠、异位妊娠、先兆流产等原因引起的，建议患者需要根据不同的原因采取相应的治疗措施。
1、正常现象
一般情况下，在怀孕40天左右，孕囊会逐渐发育成熟，出现卵黄囊、胎心、胎芽等情况。如果患者平时月经周期不规律，可能会导致排卵时间推迟，从而引起怀孕42天孕囊还在卵巢的情况。建议患者可以通过妇科彩超等方式明确诊断。如果没有伴随不适症状，一般不需要进行特殊治疗。
2、胚胎发育不良
若女性存在内分泌失调的情况，可能会导致体内激素水平紊乱，从而影响胚胎的正常发育，出现上述情况，甚至还会出现停止发育的现象。此时可以在医生指导下服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。同时还要注意多休息，避免过度劳累。
3、生化妊娠
生化妊娠主要是由于染色体异常、子宫内膜存在缺陷等因素引起的。患者一般会出现阴道流血、腹痛等症状，部分患者可能会出现孕囊还在卵巢的情况。建议患者可以通过妇科彩超、血HCG检查等方式明确诊断。如果确诊为生化妊娠，则不需要进行特殊治疗，建议患者注意休息，避免过度劳累，以免引起不适症状。
4、异位妊娠
异位妊娠通常是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育。由于受精卵着床位置不对，会导致孕囊无法正常发育，出现上述症状。如果确诊为异位妊娠，患者可以遵医嘱使用氨甲蝶呤片、米非司酮片等药物进行治疗。必要时，患者也可以通过手术的方式进行治疗。
5、先兆流产
如果患者在怀孕期间长期接触放射线、重金属等有毒有害物质，可能会导致胚胎发育异常，引起先兆流产的情况。通常患者会表现为阴道流血、下腹疼痛等症状，部分患者可能会出现上述现象。建议患者可以在医生指导下使用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物进行保胎治疗。同时，患者也可以遵医嘱使用维生素E胶囊、叶酸片等药物辅助治疗。
患者在日常生活中注意休息，可以进行适当的锻炼，避免过度劳累。建议患者饮食均衡，多吃一些富含蛋白质、维生素、膳食纤维的食物，如鸡蛋、西红柿、芹菜等。患者需要定期产检，如果出现任何不适，建议及时就医，明确具体病因后进行对症治疗，以免延误病情。