宝宝打完疫苗三天后咳嗽一般能吃药，但是需要在医生指导下使用。
宝宝打完疫苗三天后咳嗽，可能是打完疫苗后出现的不良反应，如果咳嗽比较严重，可以在医生指导下服用止咳化痰的药物，例如盐酸氨溴索口服溶液、小儿化痰止咳颗粒等。如果是细菌感染引起的，可以在医生指导下服用阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒等药物。如果是病毒感染引起的，可以在医生指导下服用蒲地蓝消炎口服液、利巴韦林颗粒等药物。
打完疫苗后需要注意局部清洁卫生，避免碰水，以免发生感染。如果打完疫苗后出现低热、皮疹等不适症状，一般不需要过分担心，通常会在两天左右自行缓解。