大漠肉苁蓉和管花肉苁蓉的功效是一样的，只是药物的产地不一样，所以不存在哪种效果好的说法。
大漠肉苁蓉是肉苁蓉的一种说法，肉苁蓉是肉苁蓉带鳞叶的肉质茎，入药部位为列当科植物肉苁蓉或管花肉苁蓉的干燥带鳞叶的肉质茎。其味甘、咸，性温，归肾、大肠经，具有补肾阳、益精血、润肠通便的功效。可用于治疗肾阳不足、精血亏虚、阳痿早泄、宫冷不孕、腰膝酸软、筋骨无力、肠燥便秘等病症。
此外，需要注意的是，肉苁蓉不宜与阿托品同用，以免导致身体出现不适的症状。在日常生活中，患者要注意做好保暖措施，避免着凉，同时还需注意保持良好的心态，避免情绪激动，还需注意清淡饮食，避免食用辛辣刺激性食物，适当进行有氧运动，增强身体抵抗力。如果患者出现不适症状，建议及时前往医院就医，在医生的指导下，进行针对性地治疗。