睡醒时右肩胛骨酸痛多考虑是受凉引起的，也不排除是肌肉劳损、颈椎病等原因导致的，建议患者根据引起的原因选择合适的治疗方式。
1、受凉
若是处于寒冷的冬季，睡眠时不注意肩颈部保暖，可能会导致风寒入侵导致局部肌肉痉挛收缩，便会出现疼痛、发凉等情况。患者可以注意自身保暖，适当增加被褥，也可以通过毛巾热敷的方式进行缓解。
2、肌肉劳损
如果长期伏案工作，可能会导致肩颈部肌肉过度紧张，长期以往可能会诱发肌肉劳损，会出现肩颈部疼痛、红肿等现象。患者可遵医嘱口服塞来昔布胶囊、依托考昔片等药物进行改善。
3、颈椎病
如果患者存在颈椎病，可能会压迫周围神经出现上肢麻木、疼痛、头晕等症状，还可能会伴随颈肩僵硬、活动受限等现象。患者可遵医嘱口服布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等药物进行改善。
除此之外，也可能是肩周炎、肌筋膜炎、滑囊炎等疾病导致的，建议患者及时就医治疗，以免延误病情。