智齿已经长出来了但是旁边的肉疼，可能是牙龈炎、智齿冠周炎、牙周炎、牙龈息肉、牙龈囊肿等原因引起的，患者需要根据具体的原因进行治疗。
1、牙龈炎
如果患者不注意口腔卫生，可能会导致牙菌斑堆积，引起牙龈炎，可能会出现智齿旁边肉疼的症状。患者可以在医生指导下使用复方氯己定含漱液、过氧化氢溶液等药物辅助改善。同时，患者还需要注意口腔卫生，勤刷牙，饭后漱口等。
2、智齿冠周炎
智齿冠周炎是指智齿萌出过程中，萌出不全以及阻生时，发生在智齿周围软组织的化脓性炎症，可能会出现智齿旁边肉疼的症状。患者可以遵医嘱使用生理盐水、复方氯己定含漱液等进行漱口，抑制口腔内细菌的生长。同时，患者还可以在医生指导下使用甲硝唑、阿莫西林等药物进行抗感染治疗。
3、牙周炎
智齿冠周炎是指发生在智齿周围软组织的化脓性炎症，可能会出现牙龈肿胀、疼痛等症状。患者可以在医生指导下使用阿莫西林、头孢呋辛酯等药物进行抗感染治疗。必要时，患者也可以通过龈上洁治术、龈下刮治术等方式进行治疗。
4、牙龈息肉
牙龈息肉是指牙龈组织上的一个异常增生组织，通常由牙齿的龋齿或牙齿发育不良引起。牙龈息肉会导致牙龈肿胀、出血、疼痛等。如果牙龈息肉体积较大，可以通过手术切除。如果息肉体积较小，可以通过激光治疗、液氮冷冻治疗等方式进行治疗。
5、牙龈囊肿
牙龈囊肿是指发生在牙龈部位的囊性肿块，通常由牙齿的龋齿或牙齿发育不良引起。牙龈囊肿会导致牙龈肿胀、出血、疼痛等。如果牙龈囊肿体积较大，可以通过手术切除。如果牙龈囊肿体积较小，可以通过激光治疗、液氮冷冻治疗等方式进行治疗。
在日常生活中，患者应注意饮食清淡易消化，避免辛辣刺激的食物，避免用手触摸牙龈，定期去医院进行口腔检查。如果症状持续存在且有加重趋势，建议患者及时就医，明确具体病因后进行对症治疗，以免延误病情。