通常情况下，两只眼睛看到的东西不重合可能是弱视、斜视、屈光不正等原因导致的，患者需要根据病因选择相应的治疗方法。
1、弱视
弱视是指单眼或双眼最佳矫正视力低于相应年龄正常儿童，眼科检查时可以发现视力低下、双眼视觉异常等症状。弱视可能是形觉剥夺等原因导致的，患者会出现视力低下、双眼单视功能异常等症状。患者可以在医生指导下通过遮盖健眼、视觉训练等方式进行治疗，必要时也可以通过手术的方式进行治疗。
2、斜视
斜视是指两眼不能同时注视目标，可能是由于先天性神经肌肉发育不良、家族遗传等原因导致的，患者会出现视力低下、眼位偏斜、复视等症状。患者可以在医生指导下通过视镜疗法、三棱镜疗法等方式进行治疗，如果情况严重也可以通过手术进行治疗。
3、屈光不正
屈光不正是指平行光线经过眼屈光系统的时候，折射后不能在视网膜上形成一个焦点，可能是由于角膜疾病、晶状体疾病等原因导致的，患者会出现视力低下、视力疲劳等症状。患者可以在医生指导下通过佩戴框架眼镜、角膜接触镜等方式进行治疗，也可以通过手术的方式进行治疗。
除此以外，也可能是青光眼、脑外伤、脑积水等原因导致的，患者应及时就医，明确病因后，进行治疗。