坐动车的时候耳朵会不舒服，可能是由于生理性因素引起，也可能是由于环境因素、咽鼓管功能紊乱、外耳道炎、中耳炎等病理性因素引起。
1、生理性因素
坐动车时，由于车速的变化，导致中耳内外压力不平衡，从而引起耳朵不舒服的症状。通常属于正常的生理现象，不需要特殊治疗，一般在休息后症状可逐渐缓解。
2、环境因素
如果动车内的环境比较嘈杂，患者可能会出现精神紧张、失眠等情况，从而引起耳朵不舒服的症状。建议患者可以通过开窗通风、戴耳机听音乐的方式进行改善。
3、咽鼓管功能紊乱
咽鼓管功能紊乱是指咽鼓管阻塞或者狭窄引起的中耳的功能障碍，可能与咽鼓管堵塞、中耳局部感染等因素有关。患者可能会出现耳闷、耳鸣、听力下降等症状。患者可以在医生指导下使用阿莫西林、头孢呋辛酯等药物进行抗感染治疗。
4、外耳道炎
外耳道炎是由于外耳道皮肤以及皮下组织出现炎症性病变，可能与病原体感染、耳道积水、不良习惯等因素有关，患者可能会出现耳痛、耳道分泌物增多、耳鸣等症状。患者可以在医生指导下使用环丙沙星、氧氟沙星等药物进行抗感染治疗。
5、中耳炎
中耳炎是指发生于中耳部位的炎症，患者可能会出现耳痛、耳道流水、听力下降等症状。患者可以在医生指导下使用头孢拉定、头孢克肟等药物进行抗感染治疗。
建议患者及时就医，明确具体病因后进行对症治疗，以免延误病情。