2公分的巧克力囊肿吃药能否消除需要根据具体情况分析。如果囊肿的体积较小，并且没有出现明显的不适症状，一般能够通过吃药消除。但如果囊肿体积较大，症状比较明显时，吃药通常不能消除，需要通过手术的方式进行治疗。
巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成存在陈旧性积血的囊肿。可能与机体的免疫功能、遗传等因素有关，患者可能会出现痛经、月经异常、性交痛等症状，还可能会出现不孕的情况。
倘若囊肿的体积较小，并且没有出现明显的不适症状，则可以在医生指导下使用米非司酮片、达那唑胶囊等药物进行治疗，能够起到抗雌激素的作用，从而达到消除囊肿的目的。
但如果患者的囊肿体积较大，症状相对严重时，此时吃药一般不能达到消除的目的，需遵医嘱通过手术的方式进行治疗，比如卵巢切除术、根治性手术等。
日常生活中要注意个人卫生，勤换洗内裤，以免引起感染的情况发生。另外，还要定期去医院复查，随时关注疾病的恢复情况。