真菌性蝶窦炎并没有最好的治疗方法，可以通过一般治疗、药物治疗、手术治疗、放射治疗、中医治疗方式进行改善，患者需要根据病情的严重程度，采取针对性的治疗措施。
1、一般治疗
如果患者病情不是特别严重，没有出现明显的不适症状，可以通过多喝水的方式进行改善，也可以多吃膳食纤维丰富的水果和蔬菜，比如苹果、菠菜等，能够补充体内所需要的营养物质，也可以改善真菌性蝶窦炎引起的相关症状。
2、药物治疗
如果患者病情比较严重，可以在医生的指导下，合理使用抗真菌的药物进行治疗，比如伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等，从而使疾病得到有效控制。
3、手术治疗
如果病情比较严重，患者出现了明显的头痛、头晕等症状，通过药物治疗的方式效果不佳，还可以通过手术治疗的方式来改善，比如鼻内镜手术等，有利于疾病的恢复。
4、放射治疗
真菌性蝶窦炎是由于真菌感染所引起的鼻窦炎，放射治疗可以通过放射线的照射，直接杀灭真菌，从而缓解不适症状。
5、中医治疗
真菌性蝶窦炎多由于感冒、过度疲劳、饮食不节等因素引起，导致鼻窦黏膜炎症浸润，可引起鼻塞、流涕、头痛等症状。患者可以遵医嘱使用香菊胶囊、鼻渊通窍颗粒等药物进行治疗。也可以在医生指导下通过针灸、按摩等方式进行改善。
除此之外，建议患者在日常生活中注意饮食清淡，可以多吃膳食纤维丰富的水果和蔬菜，如柚子、丝瓜、茄子等，保证睡眠，减少熬夜。同时，少吃辛辣刺激油腻的食物，如辣椒、炸鸡、烤鸭等。若患者出现明显不适症状时，建议及时就医治疗，以免延误病情。