怀孕44天进行B超检查有可能看到有几个孕囊，但不能完全确定一定能看到。一般来说，如果胚胎发育正常且超声检查条件良好，那么可能可以看到有几个孕囊；但如果胚胎发育较迟缓或检查条件不佳，那么通常不一定能看到。
如果孕妇在怀孕44天时，胚胎发育良好，超声设备先进且操作人员技术熟练，同时孕妇的子宫位置等条件适宜检查，那么通常可以通过B超看到有几个孕囊。在这种情况下，可以较为清晰地观察到子宫内的情况，确定是单胎妊娠还是多胎妊娠。
然而，如果胚胎发育相对迟缓，在怀孕44天时孕囊可能还比较小，不容易被清晰地观察到，那么通常不一定能确定有几个孕囊。此外，如果超声检查时孕妇憋尿不足、腹部脂肪较厚、子宫位置特殊等因素影响，也可能导致看不清孕囊的情况。
其他影响因素还包括孕妇的月经周期是否规律等。如果月经周期不规律，可能会影响对怀孕天数的准确判断，进而影响B超检查时对孕囊的观察。
建议孕妇在怀孕早期进行B超检查时要按照医生的要求做好准备，如适当憋尿等。如果一次B超检查未能确定有几个孕囊，不要过于紧张，可以在医生的建议下，在合适的时间进行复查。同时，孕妇在孕期要保持良好的心态和生活习惯，注意休息，合理饮食，避免过度劳累和接触有害物质。如果在孕期出现腹痛、阴道出血等异常情况，应及时就医。