通常没有治疗扁平疣最好的方法是什么的说法。扁平疣可以通过药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、电离子治疗、手术切除等方法进行治疗。但要注意上述治疗需要在医生介入下进行，患者不可自行操作。
1.药物治疗
局部外用维A酸类药膏如他扎罗汀凝胶、阿达帕林凝胶等可改善角质化异常。这类药物可用棉签蘸取黄豆般大小的药量涂于患处，并轻揉片刻直至药物吸收。其具有调节表皮细胞分化的作用，有助于减少角质层过度增生，从而减轻扁平疣的症状。
2.冷冻治疗
冷冻治疗通常由专业医生使用液氮对受损区域进行快速冷冻处理。此法通过形成微小冰晶损伤皮肤组织，诱导免疫应答清除病变组织；适合数量较少且集中分布于面部者。
3.激光治疗
激光治疗需前往医院由经验丰富的医师操作，根据个体差异调整参数后精准作用于目标区域。利用特定波长光线促使真皮层内黑色素颗粒分解并被吞噬细胞运走；对于色素性扁平疣有较好效果。
4.电离子治疗
电离子治疗需要到正规医疗机构由专业人员操作，在消毒后将特制针头插入至扁平疣处释放电流。该技术利用正负离子产生微爆破效应摧毁扁平疣体；适用于直径小于5毫米且较浅表位的扁平疣。
5.手术切除
扁平疣可通过外科手术方式将其完整地从皮肤表面移除掉。术后应注意患处的皮肤管理，避免沾水及抓挠，以免诱发感染，不利于病情恢复。
患者应注意保持良好的个人卫生习惯，避免共用毛巾等个人用品，以防交叉感染。同时还要注意加强营养支持，适当进食富含维生素的食物，如猕猴桃、胡萝卜等，有利于促进病情恢复。