一般而言，天生肛门小多考虑是先天性肛门狭窄引起的，也不排除是肛门先天性畸形、直肠肛管周围脓肿等原因造成的。需根据病因选择合适的治疗方式。
1、先天性肛门狭窄
若患者在胚胎中期发育不全就可能会导致肛门先天性发育畸形，就可能会出现排便困难、腹胀等症状，可能会出现天生肛门较小的情况。若无明显不适症状或者症状较轻，一般无需手术治疗。若症状较严重，需及时在医生的指导下进行手术治疗。
2、肛门先天性畸形
若胎儿在母体中发育不全，就可能会导致肛门先天性发育畸形，此时就可能会出现排便困难、大便性状发生改变等症状。若是不影响生活，则可以先观察，定期到医院复查即可。若是症状较严重，则需及时在医生的指导下进行手术治疗。
3、直肠肛管周围脓肿
若孕妇受到感染或者是受遗传因素的影响可能会导致直肠肛管周围脓肿，进而可能会出现肛门肿胀、疼痛等症状。若是症状较轻，可以遵医嘱外用药物缓解不适症状。若是症状较严重，需及时在医生的指导下进行手术治疗。
除此之外，还可能是巨结肠、结肠狭窄、肛门直肠狭窄等原因引起的，建议及时就医治疗，以免延误病情。