一般情况下，上牙发黑有疼痛可能是饮食不当、龋齿、牙龈炎、牙周炎、牙髓炎等原因引起的，需要根据不同的原因选择针对性的治疗。
1、饮食不当
如果患者长期食用巧克力、咖啡等深色食物，可能会导致上述情况。建议患者在日常生活中需要注意避免食用此类食物，同时还需注意口腔卫生，按时刷牙。
2、龋齿
龋齿是由口腔内多种因素引起的牙齿硬组织进行性病变，一般表现为无机质脱矿和有机物分解。患者可能会出现牙齿颜色变黑、龋洞、疼痛等症状。建议患者可以在医生的指导下通过复合树脂粘结修复技术、嵌体修复技术等方式进行治疗。
3、牙龈炎
牙龈炎主要是由牙菌斑引起的牙龈软组织非特异性炎症，一般表现为牙龈出血、红肿、牙痛等症状。建议患者可以在医生的指导下使用过氧化氢溶液、复方氯己定含漱液等药物漱口，抑制牙菌斑滋生，改善牙龈炎的情况。必要时，患者也可以在医生指导下通过龈上洁治术、龈下刮治术等方式进行治疗。
4、牙周炎
牙周炎是指发生于牙周组织的慢性炎症，通常表现为牙龈红肿、牙齿松动、牙周溢脓等症状。患者可以遵医嘱通过翻瓣术、植骨术等方式进行手术治疗。
5、牙髓炎
牙髓炎主要是由感染、外伤等原因引起的牙髓组织的炎症反应。患者一般会表现为牙齿疼痛、头痛、牙齿敏感等症状。建议患者可以在医生指导下使用甲硝唑片、头孢曲松钠胶囊等药物进行抗感染治疗。
如果症状持续存在且有加重趋势，建议患者及时就医，查明具体病因后进行对症治疗。建议患者在日常生活中需要注意避免吸烟，同时还需注意保持良好的生活习惯，避免熬夜，保持充足的睡眠。