脚指甲颜色变深可能是甲营养不良、外伤、甲癣、甲沟炎、缺铁性贫血等原因导致的。建议患者及时查明原因，在医生指导下进行针对性处理。
1.甲营养不良：可能与缺乏维生素或者微量元素有关，会导致指甲部位出现发黑以及形态改变的情况。此时可以多吃一些富含优质蛋白的食物，如鸡蛋、牛奶等补充身体所需要的营养物质，并配合使用维A酸乳膏涂抹改善症状。
2.外伤：如果患者的脚指甲受到外力撞击或者重物砸压，则可能会出现淤血的情况，从而表现为上述症状，并伴有疼痛的症状。此时一般无需特殊治疗，受伤24小时内可以使用冷敷缓解，而受伤24小时后则需要热敷改善局部血液循环。
3.甲癣：如果不注意个人卫生或者与他人共用私人物品，则容易感染真菌引起甲癣，由于真菌刺激可导致趾甲发黄增厚以及浑浊，严重时还会脱落。患者可以咨询医生后服用伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等抗真菌药物进行治疗。
4.甲沟炎：通常是金黄色葡萄球菌、链球菌等病原体感染引起的化脓性炎症，主要表现为患处红肿、流脓等症状，随着病情发展会导致趾甲变形并有黑褐色污渍。患者应遵医嘱使用鱼石脂软膏、莫匹罗星软膏等药物来控制感染。
5.缺铁性贫血：可能与体内缺乏铁元素有关，由于铁元素能够促进血红蛋白合成，所以会引发指甲异常改变。对此应及时在医生指导下口服琥珀酸亚铁片、富马酸亚铁颗粒等补铁剂予以纠正。
除上述原因外，还可能是糖尿病、肝肾功能衰竭等原因所致，建议及时到医院就诊并完善检查，尽快查明具体病因。