患者在不知道怀孕的情况下，吃了地衣芽孢杆菌活菌胶囊，如果没有出现不适症状，一般不需要特殊处理。但如果患者出现腹痛、腹泻等不适症状，则需要及时就医治疗。
地衣芽孢杆菌活菌胶囊的主要成分是地衣芽孢杆菌，可以用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀、腹痛等不适症状。如果患者在不知道怀孕的情况下，吃了地衣芽孢杆菌活菌胶囊，并且没有出现不适症状，一般不需要特殊处理，注意观察自身情况即可。
如果患者在不知道怀孕的情况下，吃了地衣芽孢杆菌活菌胶囊，并且出现了腹痛、腹泻等不适症状，可能是药物不良反应引起的。建议患者及时就医，可以通过血常规检查、尿常规检查等方式明确诊断。如果确诊为药物不良反应，需要及时停止服用药物，以免影响胎儿的生长发育。必要时，患者也可以在医生指导下使用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊等药物进行治疗。
建议患者在用药前需要及时就医，咨询医生药物的具体用法用量，严格遵医嘱用药，不可以自行盲目用药，以免因用药不当引起不适症状。另外，如果患者在用药过程中出现任何不适症状，需要及时就医，以免延误病情。