一般情况下柠檬切开后里面发芽了不建议继续食用。
柠檬内部发芽表明柠檬已经开始了新的生长过程，其内部的营养成分会发生很大变化。原本柠檬中富含的维生素C、柠檬酸等营养物质会被发芽过程所消耗，此时柠檬的营养价值大大降低。
其次，发芽的柠檬可能存在一定的安全隐患。在发芽过程中，柠檬内部可能会产生一些不利于人体健康的物质。比如，可能会有霉菌滋生的风险。霉菌及其代谢产物可能会对人体的消化系统、神经系统等造成损害，引起恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，甚至可能影响肝脏、肾脏等器官的功能。
此外，即使没有明显的霉菌存在，发芽的柠檬也可能含有一些未知的生物活性物质，这些物质的安全性尚未得到充分研究。为了避免潜在的健康风险，最好不要食用发芽的柠檬。
在日常生活中，为了确保食品安全，应选择新鲜、无发芽、无变质的水果食用。购买柠檬时，要挑选表皮光滑、无破损、无霉斑的果实，并妥善保存，避免长时间放置导致柠檬发芽或变质。如果发现柠檬已经发芽，应及时丢弃，不要抱有侥幸心理食用。