低聚果糖治疗便秘机理主要是促进肠道益生菌生长，调节肠道菌群，促进胃肠道蠕动，改善便秘。
低聚果糖是一种水溶性膳食纤维，能够调节肠道菌群，促进肠道益生菌生长，改善肠道内环境，促进肠道蠕动，可以用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等症状。低聚果糖还可以促进肠道益生菌生长，抑制有害菌的生长，调节肠道菌群，改善肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等症状。
建议患者在医生指导下服用低聚果糖，服用时要注意不要与抗菌药物一起服用，以免影响药效。服用药物期间，患者要注意饮食清淡易消化，可以吃小米粥、南瓜粥等食物，但要避免吃辣椒、大蒜等辛辣刺激性食物，以免影响药效。