醋酸梭菌肠球菌三联活菌片的副作用主要包括便秘、过敏反应、胃肠道不适、口腔异味、肝肾功能损伤等。
1、便秘
醋酸梭菌肠球菌三联活菌片属于一种益生菌，可以调节肠道菌群，改善肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等症状。但是如果患者长期服用，可能会使肠道内的益生菌含量过高，从而出现大便干结的情况，甚至也有可能会出现排便不畅的现象。
2、过敏反应
如果患者属于过敏性体质，而且对该药物中的某种成分过敏，服用以后可能会诱发过敏反应，从而出现皮肤瘙痒、皮肤红肿等现象，甚至还会伴有头晕的症状。
3、胃肠道不适
如果患者自行盲目用药，可能会使胃肠道功能有所减弱，从而出现恶心、呕吐、腹胀、腹痛等不适现象。
4、口腔异味
如果患者长期服用该药物，可能会使口腔内的菌群发生紊乱，也有可能会出现口腔有异味的情况。
5、肝肾功能损伤
由于药物一般是通过肝肾进行代谢，如果患者长期服用该药物，可能会加重肝肾负担，从而引起肝肾功能损伤的情况。
在日常生活中，患者要注意平时的饮食健康，尽量吃清淡类的食物，但是避免吃辣椒等刺激性的食物，也不可以吃生冷寒凉类的食物。如果出现不适症状，建议患者及时就医治疗。