蹲完腿第三天最疼可能是正常现象，也可能是肌肉损伤、半月板损伤、膝关节炎、骨关节炎等原因导致的，建议患者根据引起的原因对症治疗。
1、正常现象
如果患者长时间不运动，突然剧烈运动，可能会使局部乳酸堆积，从而出现酸痛。这是一种正常现象，可以不用过分担心，也不需要特殊治疗，一般休息后症状会逐渐缓解。
2、肌肉损伤
如果患者长时间不运动，突然剧烈运动，可能会导致肌肉损伤，从而出现局部疼痛、红肿等症状。患者可以通过局部热敷的方式进行改善，也可以遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。
3、半月板损伤
膝关节受到外力撞击，可能会导致半月板损伤，从而出现局部疼痛、肿胀等症状，在蹲完腿后症状会加重。患者可以遵医嘱服用双氯芬酸钠缓释片、布洛芬缓释胶囊等药物缓解疼痛，必要时也可以通过半月板成形术进行治疗。
4、膝关节炎
膝关节炎通常是由于慢性损伤、遗传等因素引起的。患者一般会表现为膝关节疼痛、肿胀、僵硬等症状，在下蹲后症状会加重。患者可以在医生指导下使用阿司匹林、对乙酰氨基酚等非甾体抗炎药进行治疗。必要时，患者也可以通过关节镜下行膝关节清理术的方式进行手术治疗。
5、骨关节炎
骨关节炎主要是由于遗传、肥胖等因素引起的。患者一般会表现为局部疼痛、活动受限等症状，在下蹲后症状会加重。患者可以在医生指导下使用洛索洛芬钠片、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。必要时，患者也可以通过关节镜清理术的方式进行手术治疗。
如果症状没有得到好转，甚至出现加重的情况，建议患者及时到正规医院的骨科就诊，以免延误病情给身体带来严重损伤。