长期吃灵芝孢子粉对身体有一定危害。长期吃灵芝孢子粉后，可能会出现胃肠不适的症状，如腹痛、腹胀、恶心、呕吐等症状。还有可能是药物过敏，比如皮肤瘙痒、刺痛或皮疹、呼吸困难等临床症状。若长期大量服用，也有可能造成肝、肾功能损害，因此灵芝孢子粉不推荐长期大量服用，否则可能会出现副作用。另外、灵芝孢子粉还可影响凝血功能，容易使患者出现牙龈出血、肠道出血等情况。
灵芝孢子粉是现代临床医学及生活中常用的中药，具有扶正固本、强身健体、防癌抗癌等功效。在临床应用过程中，对于患有慢性疾病、消耗性疾病、免疫机能低下的人都是常用的中药，有调理、治疗的功效，可改善神经衰弱的情况。灵芝孢子粉还可以提高患者记忆能力，调节免疫功能，对身体疲劳、乏力、肿瘤病人均可明显减轻放化疗对机体的损伤及调节补益。此外，灵芝孢子粉具有很强的保健功能，对于降低血糖、保护心脑血管、保肝，还有抗衰老、调节神经衰弱等有一定作用。
灵芝孢子粉对于患有胃炎的病人，尤其是严重的胃溃疡，要忌食灵芝孢子粉，以免诱发溃疡，出现出血、穿孔等情况。对某些特殊体质的人，也应慎重使用，包括某些反应性疾病，如内分泌失调者，应禁忌。灵芝孢子粉需遵医嘱使用温开水冲服，于饭前服用。而胃肠不好的人群，可以在饭后一小时食用。此外，病人有过敏症状时不能服用，否则会出现呼吸道过敏、咳嗽、喘憋、甚至呼吸困难，还会使病人皮肤黏膜出现水肿、皮疹。