39周胎儿半夜一直扭动可能是生理性原因导致，也可能是体位不当或者是胎儿缺氧引起的，建议孕妇到医院妇产科进行胎心监护检查，明确诊断。
1、生理性原因
部分胎儿在晚上活动会比较活跃，所以容易出现半夜一直扭动的情况，只要胎儿的胎动还在正常范围内，孕妇就不必过于担心，这是一种正常的生理现象，不需要进行特殊处理。
2、体位不当
随着怀孕月份的增加，孕妇的身体会出现一系列的不适感，如果此时孕妇睡觉的体位不当，例如采取仰卧睡或右侧卧睡等，就容易导致脏器会压迫到子宫，给胎儿一定的压迫感，从而出现胎儿半夜胎动频繁的现象。女性在怀孕后期推荐采取左侧卧睡，能够减轻子宫的右旋转，并且能够缓解子宫的供血不足情况，对胎儿生长和发育以及孕妇的身体健康较有利。
3、胎儿缺氧
胎儿缺氧是指胎儿在子宫内出现呼吸困难，通常以胎动次数突然较多为主要临床表现。排除是生理性原因和体位不当导致的胎动变化后，要考虑是胎儿缺氧。孕妇需要积极吸氧，缓解症状，等待自然分娩。缺氧严重的，可进行剖宫产，以免缺氧过久导致胎儿死亡。