甲流是指甲型流感，甲型流感恢复期肌肉疼可能是病情未恢复，也可能是乳酸堆积、肌肉损伤、过度劳累、合并细菌感染等原因导致的，需要结合原因对症治疗。
1、病情未恢复
甲型流感是感染甲型流感病毒引起的急性呼吸道传染病，感染后可能会出现急性呼吸道炎症反应，患者会出现发热、畏寒、头痛、肌肉酸痛等症状。病情较重的患者，恢复期可能需要两周左右，恢复期肌肉酸痛，可能是病情还没有恢复，体内少量病毒载量引起。患者可以继续遵医嘱服用磷酸奥司他韦胶囊、利巴韦林胶囊等抗病毒药物治疗。治疗期间注意多休息，避免劳累。
2、乳酸堆积
上述症状也可能是甲型流感引起的肌肉酸痛，甲型流感主要是感染呼吸道而引起，通常会导致乳酸堆积在肌肉组织中，引起肌肉酸痛。如果肌肉酸痛的症状较轻，通常不需要进行特殊治疗，患者可以适当进行热敷、按摩等方式缓解。
3、肌肉损伤
上述症状也可能是肌肉损伤导致，甲型流感病毒可能会侵犯骨骼肌，引起肌肉损伤，出现肌肉酸痛、乏力等症状。患者可适当进行功能锻炼，也可在医生指导下进行针灸治疗。
4、过度劳累
如果患者在恢复期间经常从事重体力劳动，可能会使肌肉处于紧张状态，从而出现肌肉酸痛、身体乏力等不适症状。建议患者注意多加休息，避免过度劳累，也可以通过按摩的方式进行缓解。
5、合并细菌感染
如果患者在恢复期间，身体免疫力比较低，可能会使细菌侵入肌肉，从而出现局部红肿、疼痛等症状。患者可以遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢拉定胶囊等药物辅助改善，平时要注意避免吃辛辣刺激类食物，并注意多喝水。
建议患者在日常生活中注意保持清淡饮食，可以适当食用富含蛋白质、维生素等营养物质的食物，如鸡蛋、西红柿等，可以提高机体免疫力。还需要注意保持室内空气清洁，外出时佩戴口罩，避免吸入有害物质，影响身体健康。