碘伏留下的黑色素三年了，可能是由于皮肤代谢不好、反复受到紫外线照射、炎症刺激等原因所导致，患者需要根据不同的原因，采取不同的治疗方式。
1、皮肤代谢不好
由于皮肤代谢不好，导致皮肤内的黑色素无法正常排出体外，逐渐在皮肤表面沉着，从而形成黑色素。患者可以在日常生活中多吃一些维生素含量丰富的食物，促进体内新陈代谢，缓解症状。
2、反复受到紫外线照射
在皮肤恢复的过程中，如果经常受到紫外线的照射，紫外线会导致皮肤色素沉着，从而形成黑色素。如果出现色素沉着，患者可以在外出时涂抹防晒霜，也可以通过打伞、穿防晒衣的方式避免紫外线照射。
3、炎症刺激
患者皮肤表面如果存在炎症，在炎症的刺激下，皮肤会出现红肿、痒痛的现象，在恢复过程中，皮肤黑色素细胞可能会出现增生的现象，从而导致黑色素沉积。因此患者在使用碘伏消毒后，黑色素依然存在。患者可以在医生的指导下涂抹丁酸氢化可的松乳膏、地奈德乳膏等药物进行治疗，并且在日常生活中避免使用刺激性较强的洗漱用品洗澡。
除此之外，皮肤出现黑色素沉淀，也可能是内分泌失调、药物刺激、色素痣等因素所导致。如果情况严重，建议患者及时去正规医院就医，明确病因后进行规范化治疗。