通常情况下，长期跑步导致膝关节疼可能是慢性损伤、膝关节滑膜炎、髌腱炎等原因引起的。
1、慢性损伤
长期不恰当的跑步姿势，可能导致膝关节长期反复地受到挤压、摩擦，造成局部的软骨组织磨损，导致局部慢性的无菌性炎症。跑步会加重膝关节的磨损，可能会引起疼痛等不适症状。建议患者可以在医生的指导下，通过热敷、按摩等物理治疗方法，促进局部血液循环，缓解疼痛的症状。
2、膝关节滑膜炎
膝关节滑膜炎是指膝关节受到急性创伤或慢性劳损时，而引起的一种无菌性炎症。跑步时由于关节的活动增大，滑膜液分泌增多，导致关节滑膜液压力增高，压力向下传导，也可能会出现上述情况。建议患者可以在医生的指导下服用依托考昔、双氯芬酸钠等药物治疗。必要时，还可采用关节镜下微创手术、关节置换手术等手术方式进行治疗。
3、髌腱炎
髌腱炎是指髌骨下方的软组织出现的炎症，主要表现为髌骨下方的疼痛、肿胀，可能会导致跑步时膝关节疼痛的情况。建议患者可以在医生的指导下服用塞来昔布、阿司匹林等药物治疗。若保守治疗效果不佳，可考虑进行手术治疗，如病灶清理术、病变滑膜切除术、髌腱转位术等。
除了上述内容外，还可能是骨关节炎等疾病导致的。建议患者及时就医，完善相关检查，明确病因，对症治疗。