囟门凹下去多考虑是正常的生理现象，但不排除是营养不良、佝偻病等因素导致的，需要根据具体的情况进行综合分析。
1、正常的生理现象
囟门是婴幼儿颅骨上的缺口，位于脑组织的生长发育过程中，可随着头骨发育不完全而闭合，属于正常的生理现象，一般在孩子出生后6到18个月左右闭合。如果孩子出生后没有长大，可能会导致囟门比较小。如果孩子没有其他不适的症状，家长不必过于担心，也不用进行特殊的处理。
2、营养不良
如果孩子出生后没有及时补充营养物质，可能会导致营养不良，体内的各种营养物质流失，可能会影响孩子头部的生长发育。此时孩子需要补充蛋白质、维生素、矿物质等营养物质，保证孩子体内营养均衡，有助于孩子的生长发育。家长可以给孩子食用营养丰富的食物，比如牛奶、鸡蛋、牛肉、菠菜、苹果、白菜等。
3、佝偻病
如果孩子体内长时间缺乏维生素D，可能会诱发佝偻病，孩子的头部骨骼因疾病的影响可能会发育不良，导致头部骨骼发育迟缓。此时患者需要配合医生服用补充营养的药物，例如维生素D滴剂、葡萄糖酸钙口服溶液等，有助于疾病的控制。
此外，还可能与脱水、颅骨骨折、颅脑损伤等原因有关。建议家长及时带孩子到正规的医院进行仔细的检查，有利于明确病因，积极配合医生进行针对性的治疗。