通常情况下，验孕棒第二条杠不在T区可能是由于验孕棒质量问题、怀孕时间过短、宫外孕等原因导致的。
1、验孕棒质量问题
如果验孕棒在空气中暴露时间过长，会出现失效情况，导致测试第二条杠不在T区的情况。建议患者可再次进行检测，或者到医院进行抽血检查，检查血液中人绒毛膜促性腺激素的含量，从而判断是否怀孕。
2、怀孕时间过短
验孕棒是女性用来检测是否怀孕的一种工具，测试原理是根据人体尿液中的人绒毛膜促性腺激素来检测。如果患者怀孕时间过短，体内的激素水平还未明显升高，此时使用验孕棒进行检测，也可能会导致出现上述情况。
3、宫外孕
宫外孕指的是受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育，由于宫外孕的孕囊发育受限，体内的激素水平也比较低，所以，也可能会在使用验孕棒检测时，出现第二条杠不在T区的情况。建议患者及时前往医院进行治疗，以免损害身体健康。
除此之外，葡萄胎等疾病也可能会导致出现上述情况。建议患者及时就医，明确诊断，对症治疗。