巧克力囊肿一般是指卵巢巧克力囊肿，CA199偏高可能是因为巧克力囊肿发生恶变，也可能是因为盆腔炎、慢性胰腺炎等原因所导致的。
1、巧克力囊肿发生恶变
卵巢巧克力囊肿是指异位的子宫内膜在卵巢内生长从而形成的囊肿，属于子宫内膜异位症的一种，当患者卵巢巧克力囊肿发生恶变时，会导致上述情况发生。通常卵巢巧克力囊肿的患者需要进行手术治疗，术后还需要配合医生使用药物进行治疗，比如屈螺酮炔雌醇片、炔雌醇环丙孕酮片等，可以帮助患者缓解疼痛，提高生活质量。
2、盆腔炎症
盆腔炎症是指女性上生殖道器官及其周围组织发生的炎症，通常累及邻近组织，可表现为阴道分泌物增多、下腹痛、异常阴道出血、发热等症状。如果患者不积极进行治疗，就可能会导致炎症波及卵巢组织，使卵巢组织受到一定的损伤，从而引起上述症状。患者可遵医嘱通过子宫及附件切除术进行治疗，也可配合医生使用盐酸左氧氟沙星胶囊、甲硝唑片等药物进行治疗，有助于控制感染。
3、慢性胰腺炎
慢性胰腺炎是多种病因导致的胰腺组织和功能损伤，与遗传、环境、免疫等因素密切相关，主要表现为腹痛反复发作，还可能会导致上述症状出现。建议患者在医生的指导下使用生长抑素、醋酸奥曲肽等药物治疗。同时，也可以遵医嘱给予阿司匹林、布洛芬等药物进行止痛治疗。
除以上较为常见的疾病外，也不能排除有其他疾病的可能，比如胰腺癌、胆囊癌等，患者需要及时前往医院进行相关检查，明确病因后，配合医生进行对症治疗。