通常情况下，荧光免疫层析法是采用荧光标记的特异性抗体，对患者血清进行免疫荧光和抗原抗体反应的一种检测方法。荧光免疫层析法主要适用于过敏性疾病、自身免疫性疾病、结缔组织病等情况，需要具有专业仪器设备才可实施。
1、过敏性疾病
如荨麻疹、支气管哮喘、血管神经性水肿、过敏性紫癜、季节性皮炎等，此类疾病发作与患者血清IgE含量升高密切相关，一般荧光免疫层析法能够进行较为准确的检测。
2、自身免疫性疾病
如系统性红斑狼疮、风湿性关节炎、自身免疫性肝炎、系统性血管炎等，此类疾病发作与患者血清IgE含量升高密切相关，使用荧光免疫层析法也可以进行检测。
3、结缔组织病
如结节性多动脉炎、混合性结缔组织病等。通过荧光免疫层析法检测，可以辅助医生进行诊断。
4、其他
如系统性硬化症、多发性骨髓瘤、重症肌无力等，此类疾病均可应用荧光免疫层析法检测出来，进而帮助医生进行诊断。
由于荧光免疫层析法仅能检测出患者血清中是否存在特异性抗体，无法检测出所有过敏性疾病或自身免疫性疾病，所以临床上通常不将荧光免疫层析法作为过敏性疾病的首选检测方法。