一般情况下，并没有“大肠小肠做什么检查最清楚”的说法。出现大肠、小肠病变，可以通过肠镜、腹部彩超、核磁共振等检查，了解病变部位，选择适当方法改善症状。
1、肠镜
患者有大肠小肠病变，可能是经常食用辛辣油腻食物、频繁饮酒、细菌病毒感染等因素影响，对肠道黏膜细胞组织产生刺激，造成肠道黏膜细胞组织损伤引起的一类肠道病变。进行肠镜检查时，需要使用一支细长可弯曲的医学仪器，通过肛门进入肠道内，对肠道内的直肠、整个结肠等肠道部位进行观察。肠镜检查的过程中，可能会对肠道黏膜细胞产生一定的刺激，容易造成肠道黏膜受损，引发腹胀、腹痛等症状。
2、腹部彩超
进行腹部彩超检查时，需要使用特殊仪器对肝胆部位进行扫描处理，可以根据上述仪器释放出的超声波动频率，判断肝胆部位是否出现病变。进行腹部彩超检查时，一般不会对肠道黏膜细胞产生刺激，可以减轻肠道黏膜受到的影响，以免影响肠镜检查结果。
3、核磁共振
核磁共振检查过程中，需要使用特殊仪器释放出的频率，扫描患者腹部，可以更好的了解腹部病变部位，对于疾病的诊断也起到帮助的作用。进行核磁共振检查，可以观察肠道内是否出现息肉、肿瘤等疾病，以免出现漏诊现象。
除此之外，也可以通过血常规检查、粪便常规化验等检查方式，了解病变部位变化。