通常不建议长期服用三联益生菌。长期服用三联益生菌可能会导致肠道菌群紊乱，还有可能会加重胃肠道的负担，进而影响身体的健康。
三联益生菌主要含有嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、肠球菌、乳酸乳球菌等益生菌，可以用来改善肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、消化不良、食欲不振等症状。如果患者存在消化不良等方面的问题，可以在医生的指导下服用三联益生菌进行调理，通常2~3周为一个疗程。
由于益生菌是活菌，如果长期服用可能会导致肠道内的有益菌群逐渐减少，容易影响胃肠道的正常功能，还有可能会导致自身的免疫力下降，容易引发一系列胃肠道不适症状，比如腹痛、腹泻等，不利于身体的健康，因此不建议长期服用。
在服用益生菌期间，患者也需要注意做到饮食清淡，应多吃膳食纤维丰富的水果和蔬菜，比如苹果、菠菜等，避免吃辣椒、生姜等刺激性的食物，以免影响药物的效果。如果服用三联益生菌出现了身体不适，需要尽快就诊，在医生的指导下调整用药的剂量。