通常情况下，卡氏肺孢子菌肺炎可以通过一般治疗、药物治疗、其他治疗的方式进行治疗。卡氏肺孢子菌肺炎是指由卡氏肺孢子虫引起的肺炎，是侵袭性肺部感染性疾病。患者常会出现发热、干咳、进行性呼吸困难等症状，该病常危及生命，病死率较高，因此需积极进行治疗。
1、一般治疗
患者应卧床休息，注意给予高热量、高蛋白、高维生素饮食。同时，也需注意翻身、拍背等，做好呼吸道护理，避免缺氧引起坠积性肺炎。
2、药物治疗
由于感染卡氏肺孢子菌，患者体内的巨噬细胞、淋巴细胞等可发挥吞噬作用，因此需要使用药物进行杀菌治疗，常用药物包括磺胺甲噁唑、喷他脒、克林霉素、甲氧苄啶等。由于患者体质不同，使用药物可能存在不良反应，因此建议在医生的指导下用药，以免发生药物间相互作用。如对上述药物过敏，可选择氨曲南进行治疗。此外，由于卡氏肺孢子菌对多种抗菌药物耐药，因此药物治疗需尽早进行，可遵医嘱使用复方磺胺甲噁唑、磷霉素、甲氧苄啶等药物联合克拉霉素、阿奇霉素等进行治疗。
3、其他治疗
由于患者体质不同，对药物的敏感性不同，因此治疗方法并不是绝对的。具体用药应由医生结合患者自身情况进行个体化治疗。如对上述药物过敏，可使用糖皮质激素进行治疗，如甲泼尼龙、泼尼松等。如出现呼吸衰竭，可给予呼吸机辅助呼吸，同时使用抗菌药物进行治疗，如甲磺酸培氟沙星、米诺环素等。
卡氏肺孢子菌肺炎常具有传染性，治疗期间的患者应注意做好隔离工作，并与家人分餐分食，餐具注意消毒等，避免造成传染。