一般情况下，益生菌建议使用40度左右的温水冲服。
因为益生菌属于活菌，怕热，如果用开水冲开，可能会把益生菌里的活菌烫灭，从而失去益生菌的作用。另外，还有一种益生菌粉，主要成分是双歧杆菌、乳酸菌、保加利亚乳杆菌等。此类有益菌无法在过高的温度下存活，所以，不建议用开水冲服。因为高温的水会使这些微生物完全失活，无法挥发作用，不能达到改善肠道，促进益生菌发挥作用。
当患者体内的菌群出现一定变化时，胃部的消化能力也可能会出现异常。这种情况下一般可以使用益生菌进行改善，且能起到较好的调理效果。建议患者在早上使用益生菌，可以帮助身体更好的消化吸收菌群。但需注意，使用益生菌时，注意避免和抗生素、酒精等一起使用，避免益生菌会失去本身的作用。另外，患者应在医生的指导下，谨遵医嘱，选择合适剂量的益生菌进行使用，以免对身体造成影响。