不存在早餐吃蛋白质还是碳水化合物比较好的说法，两种食物都可以根据个人情况进行选择。
蛋白质以及碳水化合物都是人体不可缺少的营养物质，吃早餐可以为人体补充能量，有利于提高个人体质，同时也可以减少胃肠道疾病的发生，避免胃炎、胃溃疡等疾病。早餐要做到营养均衡多样化，两种食物可以同时食用，搭配食用可以让营养变得更加全面，因此早餐可以适度摄入高蛋白食物，如牛奶、鸡蛋等，高碳水化合物食物，如稀饭、面包等。但如果存在高血压、糖尿病的患者，早餐要注意少吃含钠量高、含糖量高的食物。并且如果有对蛋白质过敏的患者，早餐要禁止食用。
综上所述，应注意饮食规律，避免长时间不吃早餐，可以根据个人情况适量摄入蛋白质和碳水化合物。同时也要避免挑食、暴饮暴食的习惯，少吃辛辣刺激性的食物，减少对胃肠道的负担。同时还可以适当进行运动，控制体重，提高身体抵抗力，有助于预防疾病。