半夜两三点肩膀痛多考虑是受凉引起的，也可能是睡姿不当、肩周炎、肌筋膜炎、颈椎病等引起的，可根据病因选择合适的治疗方式。
1、受凉
若患者在晚上睡觉时不注意肩膀的保暖，就可能会导致肩膀受凉，进而可能会引起局部血液循环不畅，患者就可能会出现肩膀疼痛、活动受限等症状。患者要做好肩膀保暖工作，如使用暖水袋或热毛巾热敷肩膀等，有助于促进血液循环，进而改善不适症状。
2、睡姿不当
若患者在晚上睡觉时睡姿不当，导致局部受压，就可能会引起肩膀疼痛、酸胀等症状。患者要避免睡姿不当，同时还可通过局部按摩等方式，促进血液循环，改善不适症状。
3、肩周炎
若患者有肩周炎，就可能会出现肩膀疼痛、活动受限等症状。患者可遵医嘱口服依托考昔片、布洛芬缓释胶囊等药物，缓解疼痛。患者还可遵医嘱通过关节镜下肩关节松解术进行治疗。
4、肌筋膜炎
若患者有肌筋膜炎，就可能会出现肩膀疼痛、活动受限等症状。患者可遵医嘱口服双氯芬酸钠缓释片、塞来昔布胶囊等药物，缓解疼痛。患者还可遵医嘱通过微波治疗、红外线疗法等方式，改善局部血液循环，缓解不适症状。
5、颈椎病
若患者有颈椎病，就可能会导致颈椎间盘突出，进而可能会压迫神经，患者就可能会出现肩膀疼痛、颈部疼痛等症状。患者可遵医嘱口服甲钴胺片、维生素B1片等药物，营养神经。患者还可遵医嘱通过牵引疗法、红外线疗法等方式，改善局部血液循环，缓解不适症状。
如果症状持续加重，建议患者及时就医，明确病因后进行治疗，以免延误病情。