新生儿出现胃肠功能紊乱，可以通过一般治疗、物理疗法、药物治疗的方法改善，有助于缓解疾病发作对新生儿身体正常发育产生的影响。
1、一般治疗
出现胃肠功能紊乱，可能是幽门螺杆菌感染、家族遗传性病变、母乳喂养不当、细菌病毒感染等因素引起的，影响胃肠功能正常运行而引起的一类疾病。建议母亲在进行母乳喂养期间，注意自身的饮食清淡，也要注意养成良好的生活习惯，以免母乳对新生儿产生影响。另外，也可以给新生儿适量补充奶粉，哺乳结束后还可以适当对新生儿的背部进行拍打安抚。
2、物理疗法
如果新生儿患有胃肠功能紊乱，出现腹痛、腹胀等症状，母亲也可以在喂食母乳后使用手部对新生儿的腹部进行适当按摩和揉搓，可以辅助改善以上症状。还可以用热水袋适度给新生儿热敷腹部。
3、药物治疗
若无法采用以上方法改善新生儿胃肠功能紊乱引发的腹痛、腹胀、腹泻等症状，家长也可以配合专业医生给新生儿使用枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散等药物改善。
新生儿患有胃肠功能紊乱，还需要做好腹部保暖工作，不建议让新生儿长期处于寒冷环境，以免影响胃肠功能正常活动。