晚上后半夜肾疼通常是肾盂肾炎、肾结石、肾结核等疾病导致。
1、肾盂肾炎
肾盂肾炎是一种肾脏感染性疾病，其症状包括肾区疼痛、发热、尿频、尿急、尿痛等，晚上后半夜可能会加重疼痛。平时应注意清淡饮食，多饮水，并且勤排尿，避免憋尿。还可在医生的指导下服用左氧氟沙星片、莫西沙星片等药物治疗。
2、肾结石
肾结石是一种常见的肾脏疾病，其症状包括肾区疼痛、尿频、尿急、尿痛等症状，如果症状较轻，可在医生的指导下服用双氯芬酸钠片、塞来昔布片等药物止痛，严重时应及时去医院进行碎石手术治疗。
3、肾结核
结核是一种由结核杆菌引起的疾病，其主要症状是腰痛、尿频、尿急、尿血等症状，可在医生的指导下服用利福平胶囊、乙胺丁醇片等药物治疗，如果症状严重，患者的肾盂积水，就要进行手术治疗。
除上述外，多囊肾、尿毒症等疾病也会引起上述症状，建议患者应及时去医院就诊，明确病因，作出针对性治疗。