通常情况下，长跑后头痛，多考虑与剧烈运动有关，但也不排除是偏头痛、高血压等疾病导致的，需要明确病因，进行针对性治疗。
1、剧烈运动
如果在平时缺乏运动，突然进行长跑，可能会导致剧烈运动后脑部缺氧，诱发头痛症状。建议患者及时进行休息，一般症状会得到缓解。如果没有出现其他不适症状，无须特殊治疗。
2、偏头痛
如果受到了家族遗传因素的影响，或者在跑步前吃了含奶酪、或者腌制食品，可能会诱发偏头痛。在患病期间会出现反复发作的头痛，并伴随呕吐、恶心等症状。患者可以遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释片等药物缓解疼痛。在平时需注意饮食清淡，注意休息。
3、高血压
如果体重过度肥胖，或者长期摄入油腻的食物，有高血压家族史，可能会诱发高血压。由于在长跑时剧烈运动，可能会导致血压升高，从而诱发头痛、头晕等症状。患者可以遵医嘱服用硝苯地平缓释片、酒石酸美托洛尔片等药物缓解。同时出现头痛症状，需及时停止跑步，避免导致病情加重。
除此之外，也可能与脑动脉供血不足等疾病有关，病情严重时需及时就医治疗。日常应注意保持规律的饮食和作息习惯，维持情绪的稳定，避免过度劳累。