胡黄连和黄连不是同一种药材，胡黄连与黄连均有清热燥湿的功效。但胡黄连能退虚热、除疳热，而黄连可以清心火、泻胃火、解毒。
胡黄连和黄连是临床上常见的两种药物，胡黄连属于清虚热类药物，黄连属于清热燥湿类药物，二药的区别之处主要体现在二药的主治功效不同。胡黄连有退虚热、除骨蒸的功效，常可用于治疗阴虚所致的骨蒸潮热。胡黄连还有除疳热的功效，可用于治疗小儿疳积，表现为形体消瘦，饮食异常，腹胀，毛发稀疏枯黄等症所出现的发热、腹胀体瘦、低热不退等病症。黄连清热燥湿的功效较好，在临床上主要用于治疗湿热阻滞中焦所致的脘腹胀满、反酸烧心、恶心呕吐、湿热泻痢等病症。该药还可用于治疗热毒雍盛所致的高热神昏、心烦不寐、目赤牙痛、湿疹疮疡等病症。
脾胃虚寒者要慎用黄连及胡黄连，因此应在专业中医医师的辨证指导下用药，不可自行用药。