通常情况下，巧克力囊肿做手术对以后生育是否有影响，还需要根据具体的情况进行分析。
巧克力囊肿原因尚未明确，考虑跟家族遗传有关，也有可能是激素水平变化较大引起的。患者在发病时可能会出现腹部疼痛、月经异常等症状，需要通过手术切除的方式进行治疗。如果选择的手术为微创手术，没有给卵巢、输卵管等器官造成一定损伤，一般是不会影响以后生育的。但如果所选择的手术为开放性手术，将子宫、卵巢进行切除，一般会给以后的生育带来一定影响。
建议患者需要在早期采取针对性的治疗措施。在医生的指导下合理使用抗生素类药物进行治疗，如注射用头孢曲松钠、注射用头孢呋辛钠等，能够有效的抑制炎症反应。同时需要时刻注意身体的变化，如果出现了明显的不适症状，应及时就诊，以免给身体带来不必要的损伤。