巧克力囊肿通过锻炼一般不能治好，但可以控制病情的发展。
巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的陈旧性积血囊肿。如果囊肿较小，身体没有出现明显的不适症状，一般不需要进行特殊治疗，平时可以通过运动的方式来缓解，比如慢走、打太极拳、做瑜伽等，可以增强身体的抵抗力，对于疾病的恢复有一定的帮助。但是巧克力囊肿比较严重，而且存在反复发作的情况，患者可以在医生的指导下服用药物来治疗，比如醋酸甲羟孕酮片、醋酸甲地孕酮片等，能够使疾病得到控制。必要时也可以通过手术来治疗，常用的手术有腹腔镜手术、保留生育功能手术、根治性手术等。
治疗期间合理调整饮食习惯，避免吃辛辣刺激寒凉的食物，比如辣椒、麻椒、冰镇西瓜等。同时还要注意腹部的保暖，及时增添衣物，避免出现腹部受凉的情况，影响疾病的恢复。