苦参凝胶在正常情况下遵医嘱合理使用，一般不会有太大的危害。但如果患者长期或过量使用，可能会对身体造成一定的危害。
苦参凝胶的主要成分是苦参总碱，是一种具有抗菌、抗滴虫、抗霉菌作用的外用药物。患者遵医嘱合理使用可以起到抗菌抗炎的作用，对治疗白带增多、滴虫性阴道炎等病症有一定的作用。但苦参凝胶属于性寒的药物，如果患者长期或过量使用，可能会损伤脾胃，出现腹痛、腹泻等症状，还可能会影响月经，出现月经量减少、月经周期紊乱等症状。
在用药期间，患者要注意饮食清淡，不要吃辛辣、刺激的食物，以免影响药物吸收。此期间，患者要注意不要进行性生活，以免影响药效，出现不适症状，应及时到医院就诊治疗。